Я правильно понял, что если приказ № 60 от 28.02.03 не опубликовывали,…

Нет, Вы не правильно поняли, если к Вас на руках действительно есть письменный документ о том, что указанный Вами приказ опубликован не был, как требует закон, то он не имеет силы и его на практике сотрудники ВК не должны применять. Если же у Вас есть на руках официальный ответ сотрудников ВК со ссылкой на указанный документ, то ответ, принятое решение обжалуйте в прокуратуру или суд. Регистрацию в Минюсте проходят все документы, это требование связано с тем, что сотрудники Минюста в течение определенного времени изучают, проверяют соответствие представленного документа ведомством на соответствии Конституции РФ, Международным договорам. Только после этого закон, приказ, инструкция (ведомственная) и т.п. публикуются в РГ и др. изданиях.